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Bioinformatic analysis of CCA-1.1, a novel curcumin analog, uncovers furthermost noticeable target genes in colon cancer

小桶 基因 结直肠癌 姜黄素 生物 癌症 机制(生物学) 遗传学 癌症研究 计算生物学 基因本体论 基因表达 认识论 哲学
作者
Febri Wulandari,Muthi Ikawati,Edy Meiyanto,Mitsunori Kirihata,Adam Hermawan
出处
期刊:Gene Reports [Elsevier BV]
卷期号:21: 100917-100917 被引量:3
标识
DOI:10.1016/j.genrep.2020.100917
摘要

The chemoprevention-curcumin analog 1.1 (CCA-1.1) is a derivative of Pentagamavunone-1 (PGV-1) equipped with augmented chemical and physical properties. This study explores the potential therapeutic targets and pathways of CCA-1.1 for colon cancer treatment using bioinformatic studies. Gene mutations associated with colon cancer were retrieved from the cBioPortal public database. Target genes of CCA-1.1 were obtained from seven online databases. We then analyzed the gene ontology profiles, KEGG-related pathways, protein–protein interaction (PPI) networks, related diseases, and drug associations of the potential target genes. A total of 914 mutated genes and 812 predictive target genes of CCA-1.1 were aligned, resulting in 93 genes of matches genes mainly enriched in the pathways of cancer metabolism and EGFR tyrosine-kinase inhibitor resistance. The top 20 hub genes showed major involvement in colorectal cancer. Drug association analysis demonstrated that CCA-1.1 was mostly related to protein kinase inhibitors. Three genes, including TP53, MAPK1, and ERBB2, were revealed as noticeable target genes of CCA-1.1; these were involved in colon cancer-related pathways and had important prognostic value. Overall, the putative target genes of CCA-1.1, including TP53, MAPK1, and ERBB2, and related pathways identified in this study, suggest a possible mechanism of CCA-1.1 that could contribute to the anti-colon cancer drug development.

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