EasyNanopore: A Ready-to-Use Processing Software for Translocation Events in Nanopore Translocation Experiments

纳米孔 计算机科学 软件 可执行文件 事件(粒子物理) 染色体易位 安装 操作系统 化学 纳米技术 材料科学 物理 生物化学 基因 量子力学
作者
Jing Tu,Hao Meng,Linlin Wu,Guohao Xi,Jiye Fu,Zuhong Lu
出处
期刊:Langmuir [American Chemical Society]
卷期号:37 (33): 10177-10182 被引量:12
标识
DOI:10.1021/acs.langmuir.1c01597
摘要

We developed EasyNanopore which is a ready-to-use software to select the events of a nanopore molecular translocation experiment. The software is released as an executable file with a graphical user interface and provides several versions suitable for different operating systems without installing any running environment to execute it. We use the adaptive threshold which adapts to the low-frequency variation of the baseline to detect events and uses a multiprocess method to accelerate the process of event detection. After the event is identified, its duration and amplitude information will be extracted and a resulting txt file will be generated for further analysis. Our software runs fast and can effectively extract the data from data of large-scale nanopore molecular translocation experiments.
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