Abstract Lakes in Minnesota face a number of large-scale ecological stressors that threaten critical aquatic habitat and fish populations. We developed a fish habitat conservation framework to guide protection and restoration efforts for lakes of the state. Surrogate measures of habitat quality were used to assess fish habitat conditions in more than 1,800 Minnesota lakes. Two fundamental fish habitat types in lakes were described (physical and water quality) and geographic information system-based surrogate measures of habitat condition (shoreline and watershed disturbance) were quantified for each habitat type. Simultaneous consideration of the two habitat types were used to develop a bivariate classification of habitat condition. Habitat condition classifications were identified using data from previous studies to categorize lakes into protection and restoration classes. Appropriate protection and restoration actions was then tailored for each classification of habitat condition. The conservation framework is actively being used to protect and restore habitat in lakes throughout Minnesota and is potentially useful for other regions and spatial scales where anthropogenic disturbances affect fish habitat. Los lagos en Minnesota enfrentan cantidad de factores de estrés ecológico de gran escala, que amenazan hábitats acuáticos críticos para las poblaciones de peces. En este trabajo se desarrolla un marco de referencia de conservación de hábitats para peces, con la finalidad de guiar los esfuerzos de protección y restauración que se lleven a cabo en los lagos del estado. Se utilizaron mediciones representativas de la calidad del hábitat con el objetivo de evaluar las condiciones del hábitat en más de 1,800 lagos de Minnesota. Se describieron dos tipos fundamentales de hábitat de peces (en términos físicos y de calidad del agua) y para cada tipo de hábitat, se cuantificaron medidas representativas de información geográfica (línea de costa y perturbaciones en la cuenca hidrográfica). Se consideraron simultáneamente dos tipos de hábitats para desarrollar una clasificación bivariada de la condición del hábitat. Con el fin de categorizar a los lagos en distintos grados de protección y restauración, se identificaron las clasificaciones de la condición del hábitat a partir de datos de estudios previos. Posteriormente se diseñaron acciones de protección y restauración para cada clasificación de condición de hábitat. El marco de referencia de conservación se utiliza activamente para proteger y restaurar hábitats de los lagos a lo largo de Minnesota, y puede ser potencialmente útil para otras regiones y escalas espaciales donde existan disturbios de origen humano que afecten el hábitat de los peces. Les lacs du Minnesota font face à un certain nombre de facteurs de stress écologiques à grande échelle qui menacent le milieu aquatique vital et les populations de poissons. Nous avons développé un cadre de conservation de l'habitat du poisson pour guider les efforts de protection et de restauration pour les lacs de l'État. Des mesures substitutives de qualité de l'habitat ont été utilisées pour évaluer les conditions de l'habitat du poisson dans plus de 1800 lacs du Minnesota. Deux types fondamentaux d'habitats du poisson dans les lacs ont été décrits (physique et en fonction de la qualité de l'eau) et des mesures de substitution de l'état de l'habitat basées sur un système d'information géographique (la perturbation du rivage et des bassins versants) ont été quantifiés pour chaque type d'habitat. Un examen simultané des deux types d'habitats a été utilisé pour élaborer une classification bivariée de l'état de l'habitat. Les classifications des conditions de l'habitat ont été identifiées à partir des données provenant d'études précédentes pour classer les lacs dans les classes de protection et de restauration. Les actions de protection et de restauration appropriées ont ensuite été adaptées pour chaque classification de l'état de l'habitat. Le cadre de conservation est activement utilisé pour protéger et restaurer l'habitat dans les lacs à travers tout le Minnesota et est potentiellement utile pour d'autres régions et échelles spatiales où les perturbations anthropiques affectent l'habitat du poisson.