A genome‐wide association study identifies new genes associated with developmental dysplasia of the hip

小桶 生物 基因组 全基因组关联研究 遗传学 SNP公司 等位基因 基因 生物信息学 遗传关联 单核苷酸多态性 基因型 转录组 基因表达
作者
Wenjin Yan,Hao Zheng,Shuyan Tang,Liming Zheng,Pengjun Yu,Wenqiang Yan,Xiao Han,Xingquan Xu,Dongquan Shi,Shiro Ikegawa,Huajian Teng,Qing Jiang
出处
期刊:Clinical Genetics [Wiley]
卷期号:95 (3): 345-355 被引量:6
标识
DOI:10.1111/cge.13483
摘要

Developmental dysplasia of the hip (DDH) is one of the most common congenital malformations and covers a spectrum of hip disorders from mild dysplasia to irreducible dislocation. The pathological mechanisms of DDH are poorly understood, which hampers the development of diagnostic tools and treatments. To gain insight into its disease mechanism, we explored the potential biological processes that underlie DDH by integrating pathway analysis tools and performing a genome‐wide association study (GWAS). A total of 406 DDH‐associated genes ( P < 0.001) were identified by our GWAS using a Chinese Han cohort consisting of 386 DDH cases and 500 healthy controls (Set A). We verified the significant loci ( P < 10 −5 ) in another Chinese Han cohort consisting of 574 DDH patients and 569 healthy controls (Set B). An intronic Single Nucleotide Polymorphism (SNP) (rs61930502) showed significant association in Set A and Set B ( P = 2.65 × 10 −7 and 2.0 × 10 −4 , respectively). The minor allele, rs61930502‐A, which tended to prevent DDH showed a dominant effect. Heat shock 70 kDa protein 8 (HSPA8) showed the most direct interactions with other proteins which were coded by DDH‐associated genes in the protein‐protein interaction analysis. Interestingly, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment analysis suggested a relation between DDH and the genes involved in type II diabetes mellitus pathway ( P = 0.0067). Our genetic and protein interaction evidence could open avenues for future studies of DDH.

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