Caractérisation du danger Clostridium perfringens dans les filières bovine, porcine et avicole à l'abattoir

Clostridium perfringens est une bactérie ubiquitaire présente dans de nombreuses niches environnementales, incluant le sol, l'eau et ainsi que les animaux et les humains qui peuvent être porteurs sains de la bactérie dans leur tractus digestif. En tant que pathogène, C. perfringens est largement reconnu comme un agent majeur impliqué dans les infections humaines, en particulier, les intoxications alimentaires (TIAC). Ces dernières sont le plus souvent associées à des plats à base de viande, ce qui en fait le principal élément à investiguer dans la chaîne de production alimentaire. En particulier, les abattoirs, en raison de leur rôle dans la transformation des animaux, constituent une étape critique où des manquements aux règles d'hygiène peuvent favoriser la contamination. Pour déterminer le risque posé par C. perfringens dans la chaîne de production alimentaire, ce projet de thèse a visé à déterminer le statut de contamination d'échantillons par C. perfringens dans les abattoirs des filières bovine, porcine et avicole. Des campagnes de prélèvements ont été menées sur les animaux et dans l'environnement des abattoirs, révélant la présence du pathogène à plusieurs étapes du processus d'abattage, avec des taux d'isolement variant de 19,7 % à 25,5 % selon la filière. Pour approfondir cette caractérisation, 286 souches ont été sélectionnées par algorithme pour le séquençage du génome complet. Les analyses de typage génomique en multilocus sequence typing (MLST) et core genome MLST (cgMLST) ont permis d'identifier 152 sequence types (ST) dont 119 nouveaux, reflétant une forte diversité génétique des souches issues des filières animales. De plus, l'analyse phylogénétique en core single nucleotide polymorphism (SNP) a mis en évidence des souches phylogénétiquement proches isolées lors d'une même journée d'abattage, mais également lors de différentes campagnes, suggérant une capacité de dissémination et de persistance de C. perfringens dans les abattoirs. Concernant le potentiel pathogène et la résistance aux antimicrobiens, aucune souche de type F n'a été détectée, et seule 5 souches ont été identifiées comme multirésistantes (MDR), ce qui indique un risque limité en termes de virulence et de résistance. Enfin, une comparaison avec des souches impliquées dans les infections humaines en France a permis d'évaluer le risque de transmission zoonotique et d'estimer la part des filières animales dans la survenue de ces infections. Grâce à l'identification de marqueurs génétiques spécifiques aux filières, l'origine de 95 souches isolées de TIAC a pu être attribuée : 74 % à la filière porc, 5 % à la filière avicole, aucune à la filière bovine et 21 % non-prédictibles. Ces travaux apportent ainsi les premières données françaises la contamination de C. perfringens en abattoirs, tout en fournissant une caractérisation approfondie des souches en termes de diversité génétique et de potentiel de virulence. Plus particulièrement, en lien avec de futures études épidémiologiques, ces résultats permettront une meilleure évaluation du risque sanitaire lié à la transmission zoonotique, et aideront les filières à adapter ou réévaluer les mesures de maîtrise en place face à ce danger.