KINtaro: protein kinase-like database

蛋白质家族 计算生物学 蛋白质测序 生物 序列比对 生物信息学 肽序列 遗传学 基因
作者
Bartosz Baranowski,Marianna Krysińska,Marcin Gradowski
出处
期刊:BMC Research Notes [BioMed Central]
卷期号:17 (1)
标识
DOI:10.1186/s13104-024-06713-y
摘要

The superfamily of protein kinases features a common Protein Kinase-like (PKL) three-dimensional fold. Proteins with PKL structure can also possess enzymatic activities other than protein phosphorylation, such as AMPylation or glutamylation. PKL proteins play a vital role in the world of living organisms, contributing to the survival of pathogenic bacteria inside host cells, as well as being involved in carcinogenesis and neurological diseases in humans. The superfamily of PKL proteins is constantly growing. Therefore, it is crucial to gather new information about PKL families.To this end, the KINtaro database ( http://bioinfo.sggw.edu.pl/kintaro/ ) has been created as a resource for collecting and sharing such information. KINtaro combines protein sequence information and additional annotations for more than 70 PKL families, including 32 families not associated with PKL superfamily in established protein domain databases. KINtaro is searchable by keywords and by protein sequence and provides family descriptions, sequences, sequence alignments, HMM models, 3D structure models, experimental structures with PKL domain annotations and sequence logos with catalytic residue annotations.

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