Genome-wide Characterization of Long Terminal Repeat-retrotransposons in Apple Reveals the Differences in Heterogeneity and Copy Number between Tyl-copia and Ty3-gypsy Retrotransposons

长终端的 Ty1-copia 和 Ty3 吉普赛人组的基因重复的反向的 transcriptase (RT )(LTR ) 的保存领域 retrotransposons 从 Malus 被孤立国内用退化 oligonucleotide 教材的一个染色体。顺序分析证明 45% Ty1-copia 和 63%Ty3 吉普赛人 RT 序列包含了破坏读的框架的早熟的站鳕鱼 ons 或 indels。在 Ty1-copia 和 Ty3 吉普赛人组 retrotransposons 的 RT 序列之中的高异质被观察，但是在苹果染色体的 Ty3 吉普赛人组 retrotransposons 不比 Ty1-copia 元素异构。Retrotransposon 拷贝数字被点污点杂交为 Ty1-copia 估计(∼5 000 ) 并且 Ty3 吉普赛人(∼26 000 ) 。LTR retrotransposons 的二种类型的所有元素包括约 38% M。国内一个染色体，与更高的 Ty3 吉普赛人组贡献(33.5%) 比 Ty1-copia (4.6%) 。抄写没被反向的抄写聚合酶链反应在 vitro 或在在与高集中 benzylaminopurine 补充的媒介上有教养的叶将生物的活组织移植于培养基中培养在植物的叶子为 Ty1-copia 或 Ty3 吉普赛人 retrotransposons 检测。这研究在苹果染色体在在 Ty1-copia 和 Ty3 吉普赛人 retrotransposons 之间的异质和拷贝数字揭示差别。Ty1-copia retrotransposon 比 Ty3 吉普赛人 retrotransposon 有更高的异质，但是后者让一个更高的拷贝数，它暗示 Ty3 吉普赛人 retrotransposons 可以在苹果染色体进化起一个更重要的作用。