Robust Automatic EXAFS First-Shell Fits

傅里叶变换 数学 算法 扩展X射线吸收精细结构 噪音(视频) 稳健性(进化) 转化(遗传学) 傅里叶级数 傅里叶分析 计算 航程(航空) 功能(生物学) 数学分析 分辨率(逻辑) 光谱分辨率 Python(编程语言) 物理 点扩散函数 点(几何) 快速傅里叶变换
作者
Yanna Chen,Juanjuan Huang,Shelly Diane Kelly
出处
期刊: 卷期号:1 (4): 272-283 被引量:2
标识
DOI:10.1021/photonsci.5c00040
摘要

High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide Extended X-ray absorption fine structure (EXAFS) is a widely used technique for atomic structure determination. Fourier transformation connects EXAFS in k space and R space. However, determining the appropriate k -range for the transformation can be challenging, but critical for the first-shell fit. In this study, we present an automatic method to determine the k- range using the Larch package and a Python program. The first step is to estimate spectral noise across a series of k -ranges with a fixed minimum value and identify the optimal maximum value in the k -range ( k max ). The k max is determined by an empirical noise threshold that marks the point where the noise level in the Fourier transformed spectrum changes dramatically. Using the obtained k max value, the first shell is modeled to determine the minimum k value ( k min ) by optimizing the background function through alignment of the spectrum with theory. The optimal k min corresponds to the point of the minimum R-factor, which quantifies the difference between the experimental and fitted spectrum. Our method was tested on various typical datasets and yielded suitable k -ranges for Fourier transformation and accurate first-shell fits. This approach helps avoid unreliable, irreproducible data analysis, especially for noisy data from diluted samples, and enables robust automatic first-shell EXAFS fitting.

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