Neuronal ambient RNA contamination causes misinterpreted and masked cell types in brain single-nuclei datasets

核糖核酸 生物 生物信息学 污染 小核RNA RNA序列 RNA编辑 细胞 转录组 基因表达 基因 非编码RNA 生物化学 生态学
作者
Emre Caglayan,Yuxiang Liu,Genevieve Konopka
出处
期刊:Neuron [Elsevier]
卷期号:110 (24): 4043-4056.e5 被引量:23
标识
DOI:10.1016/j.neuron.2022.09.010
摘要

Ambient RNA contamination in single-cell and single-nuclei RNA sequencing (snRNA-seq) is a significant problem, but its consequences are poorly understood. Here, we show that ambient RNAs in brain snRNA-seq datasets have a nuclear or non-nuclear origin with distinct gene set signatures. Both ambient RNA signatures are predominantly neuronal, and we find that some previously annotated neuronal cell types are distinguished by ambient RNA contamination. We detect pervasive neuronal ambient RNA contamination in all glial cell types unless glia and neurons are physically separated prior to sequencing. We demonstrate that this contamination can be removed in silico and show that previous single-nuclei RNA-seq-based annotations of immature oligodendrocytes are glial nuclei contaminated with ambient RNAs. After ambient RNA removal, we detect rare, committed oligodendrocyte progenitor cells not annotated in most previous adult human brain datasets. Together, these results provide an in-depth analysis of ambient RNA contamination in brain single-nuclei datasets.
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