ISWI catalyzes nucleosome sliding in condensed nucleosome arrays

染色质 核小体 ATP水解 染色质结构重塑复合物 染色质重塑 生物物理学 化学 DNA 细胞生物学 ATP酶 生物 生物化学
作者
Petra Vizjak,Dieter Kamp,Nicola Hepp,Alessandro Scacchetti,Mariano Gonzalez Pisfil,J.D. Bartho,Mario Halić,Peter B. Becker,Michaela Smolle,Johannes Stigler,Felix Muler-Planitz
标识
DOI:10.1101/2023.12.04.569516
摘要

How chromatin enzymes work in condensed chromatin and how they maintain diffusional mobility inside remains unexplored. We investigated these challenges using the Drosophila ISWI remodeling ATPase, which slides nucleosomes along DNA. Folding of chromatin fibers did not affect sliding in vitro. Catalytic rates were also comparable in- and outside of chromatin condensates. ISWI cross-links and thereby stiffens condensates, except when ATP hydrolysis is possible. Active hydrolysis is also required for ISWI's mobility in condensates. Energy from ATP hydrolysis therefore fuels ISWI's diffusion through chromatin and prevents ISWI from cross-linking chromatin. Molecular dynamics simulations of a 'monkey-bar' model in which ISWI grabs onto neighboring nucleosomes, then withdraws from one before rebinding another in an ATP hydrolysis-dependent manner qualitatively agree with our data. We speculate that 'monkey-bar' mechanisms could be shared with other chromatin factors and that changes in chromatin dynamics caused by mutations in remodelers could contribute to pathologies.
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