UCell: Robust and scalable single-cell gene signature scoring

作者
Massimo Andreatta,Santiago J. Carmona
出处
期刊:Computational and structural biotechnology journal [Elsevier BV]
卷期号:19: 3796-3798 被引量:1108
标识
DOI:10.1016/j.csbj.2021.06.043
摘要

UCell is an R package for evaluating gene signatures in single-cell datasets. UCell signature scores, based on the Mann-Whitney U statistic, are robust to dataset size and heterogeneity, and their calculation demands less computing time and memory than other available methods, enabling the processing of large datasets in a few minutes even on machines with limited computing power. UCell can be applied to any single-cell data matrix, and includes functions to directly interact with Seurat objects. The UCell package and documentation are available on GitHub at https://github.com/carmonalab/UCell.
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