Long-Read Genome Sequence Resource of Ascochyta versabilis Causing Leaf Spot Disease in Pseudostellaria heterophylla

生物 基因组 壳二孢属 全基因组测序 康蒂格 基因 单分子实时测序 顺序装配 叶斑病 遗传学 DNA测序 计算生物学 植物 枯萎病 转录组 基因表达 DNA测序器
作者
Yunbo Kuang,Zhe Wang,Abah Felix,Hongli Hu,Baohua Wang,Zonghua Wang,Huiping Zhang,Zuyun Ye,Jiandong Bao
出处
期刊:Molecular Plant-microbe Interactions [American Phytopathological Society]
卷期号:33 (12): 1438-1440 被引量:3
标识
DOI:10.1094/mpmi-05-20-0137-a
摘要

Ascochyta versabilis is the fungal pathogen that causes the severe leaf spot disease of Pseudostellaria heterophylla (Miq.) Pax, a vital Chinese herbal plant. Here, we deployed PacBio single-molecule real-time long-read sequencing technology to generate a near-complete genome assembly for the A. versabilis KC1 strain and obtained a total of 9.80 Gb raw reads. These reads were processed into a 41.05 Mb genome assembly containing 95 contigs with N50 of 1.70 Mb and a maximum length of 3.93 Mb. A total of 10,457 gene models, of which 1,004 encode putatively secreted proteins, were identified in the genome. This high-quality genome assembly and gene annotation resource will facilitate the institution of functional genetic studies aimed at providing a better insight into the infection mechanisms of A. versabilis to support the development of effective control strategies for leaf spot disease of P. heterophylla.

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