Identifying the crucial oncogenic mechanisms of DDX56 based on a machine learning-based integration model of RNA-binding proteins

计算生物学 RNA结合蛋白 转录因子 核糖核酸 抄写(语言学) RNA解旋酶A 癌症研究 生物 细胞生物学 遗传学 基因 解旋酶 哲学 语言学
作者
Hui Jiang,Haotian Zheng,Xueyan Zhao,Yunzhi Xiang,Jiahao Li,Kai Wang,Guanghui Wang,Jiajun Du
出处
期刊:npj precision oncology [Nature Portfolio]
卷期号:9 (1): 240-240
标识
DOI:10.1038/s41698-025-01039-9
摘要

RNA-binding proteins (RBPs) play a fundamental role in cellular metabolism, with their disturbance leading to large-scale transcriptomic dysregulation. RBP dysregulation is highly prevalent in human cancers; however, its role in lung adenocarcinoma (LUAD) has not been systematically investigated. To establish a more effective and robust risk model, a machine learning integration program was used to screen hub prognostic RBPs. Our risk model C-index performed extremely well among 103 published signatures. The high-risk group had a lower immune score and worse immunotherapy effects. As one of the members of the RNA helicase family, DDX56 can interact with certain transcription factors, thereby regulating the expression of its downstream targets. DDX56 exerts an anti-apoptotic effect and reduces the sensitivity to carboplatin treatment by promoting Bcl-2 transcription in LUAD cells. Additionally, DDX56 activates NF-kB signaling pathways, which may be related to DDX56-mediated promotion of Bcl-2 transcription, proliferation, migration, and invasion in LUAD patients.
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