Study of biotic and abiotic factors influencing the structuration and the composition of the root microbiome of Populus

Les micro-organismes jouent un rôle essentiel dans le fonctionnement des écosystèmes forestiers. L’ensemble de ces micro-organismes associés aux racines est appelé « microbiote racinaire » et est connu pour promouvoir la croissance de l’arbre, améliorer sa résistance face aux stress biotiques et abiotiques et participer au cycle des nutriments. Étudier les facteurs de structuration et de régulation du microbiote racinaire est essentiel pour mieux comprendre les mécanismes impliqués dans les interactions arbres/micro-organismes et le rôle du microbiote racinaire de l’arbre en réaction aux contraintes environnementales actuelles et futures. Au cours de ma thèse, j’ai étudié la dynamique de colonisation des racines du peuplier gris par les communautés bactériennes et fongiques du sol en combinant approches métagénomique et microscopique. Parallèlement, une étude réalisée en mésocosme a été menée afin de connaître l’impact du génotype de l’hôte et des facteurs environnementaux tels que le climat et le type de sol sur le microbiote racinaire du peuplier noir, espèce colonisant les écosystèmes ripisylves et particulièrement touchée par le changement climatique. Enfin, par des approches de métagénomique et de métabolomique, j’ai étudié, d’une part, l’impact des variations du microbiote du sol et, d’autre part, celui de la voie de signalisation de l’acide jasmonique, sur le métabolome et les communautés du microbiote racinaire du peuplier gris. L’ensemble de mes résultats met en lumière l’impact significatif de l’arbre et des facteurs environnementaux sur la composition et la structure taxonomique et fonctionnelle du microbiote racinaire ainsi que la nécessité de considérer l’arbre et son microbiote comme un « méta-organisme » à part entière.