Development of multiplex HRM-based loop-mediated isothermal amplification method for specific and sensitive detection of Treponema pallidum

密螺旋体 多路复用 环介导等温扩增 梅毒 熔化曲线分析 分子生物学 高分辨率熔体 生物 微生物学 基因 病毒学 实时聚合酶链反应 遗传学 聚合酶链反应 DNA 人类免疫缺陷病毒(HIV)
作者
Krishnamoorthy Priya,Pasupathi Rathinasabapathi,Rex Arunraj,Sugapriya Dhanasekaran,Mohandass Ramya
出处
期刊:Archives of Microbiology [Springer Nature]
卷期号:204 (6)
标识
DOI:10.1007/s00203-022-02973-z
摘要

Syphilis is a sexually transmitted disease caused by the spirochaete bacterium Treponema pallidum. This study has developed a multiplex High-Resolution Melt-curve Loop-mediated isothermal amplification (multiplex HRM-LAMP) assay targeting the marker genes polA and tprL to detect T. pallidum. The multiplex HRM-LAMP assay conditions were optimized at 65 °C for 45 min. Real-time melt-curve analysis of multiplex HRM-LAMP shows two melt-curve peaks corresponding to polA and tprL with a Tm value of 80 ± 0.5 °C and 87 ± 0.5 °C, respectively. The detection limit of multiplex HRM-LAMP was found to be 6.4 × 10–4 ng/μL (3.79 copies/μL) of T. pallidum. The specificity was evaluated using seven different bacterial species, and the developed method was 100% specific in detecting T. pallidum. A total of 64 blood samples of T. pallidum suspected cases were used to validate the assay method. The clinical validation showed that the assay was 96.43% sensitive and 100% specific in detecting syphilis. Thus, the developed method was more rapid and sensitive than other available methods and provides a multigene-based diagnostic approach to detect T. pallidum.
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