Highly accurate mtGenome haplotypes from long-read SMRT sequencing can distinguish between monozygotic twins

单倍型 单分子实时测序 遗传学 生物 DNA测序 计算生物学 线粒体DNA 深度测序 杂交基因组组装 基因组 全基因组测序 单卵双胞胎 序列(生物学) 个人基因组学 参考基因组 DNA 基因 基因型 DNA测序器
作者
Lu Chen,Hua Wang,Lu Tan,Chaolong Lu,Guangping Fu,Lihong Fu,Xiaojing Zhang,Qian Wang,Chunling Ma,Bin Cong,Shujin Li
出处
期刊:Forensic Science International-genetics [Elsevier]
卷期号:47: 102306-102306 被引量:5
标识
DOI:10.1016/j.fsigen.2020.102306
摘要

Discriminating between monozygotic twins (MZ) remains a challenge in the field of forensics globally. It is very difficult to find sequence variants within MZ twins, despite using ultra-deep next generation sequencing (NGS) for nuclear DNA. However, mitochondrial DNA might be a potential marker owing to its higher mutation rate and easier sequencing via NGS. Here, we aimed to introduce a long-read single molecule real-time sequencing (SMRT) strategy, with better continuity and fewer alignment errors, to obtain more accurate mitochondrial genome (mtGenome) sequence on the Sequel platform. Compared to Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM), the long-read SMRT sequencing strategy generated highly accurate and mapped circular consensus sequence (CCS) reads and exhibited robust performance in terms of reliable repeatability, consistent coverage pattern, and balanced strands in mtGenome recovery. Moreover, the long-read SMRT strategy exhibited superior ability to not only identify accurate haplotypes but also discover a total of 785 low-level variants within 16 MZ twin pairs with threshold of 2% and 20 CCS reads with Q30 quality. Taken together, our findings suggested the long-read SMRT technology as an appreciable strategy for obtaining accurate mitotypes and providing a promising solution for distinguishing between MZ twin pairs in forensic genetics.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
scot应助mark163采纳,获得10
21秒前
哈哈完成签到 ,获得积分0
37秒前
dent强完成签到 ,获得积分10
38秒前
斯文的天奇完成签到 ,获得积分10
44秒前
yourhonor完成签到,获得积分10
49秒前
疯狂的水香完成签到,获得积分10
54秒前
PN_Allen完成签到 ,获得积分10
55秒前
chf102完成签到 ,获得积分10
58秒前
2024kyt完成签到 ,获得积分10
1分钟前
短巷完成签到 ,获得积分10
1分钟前
小饼饼完成签到 ,获得积分10
1分钟前
陈米花完成签到,获得积分10
1分钟前
yyjl31完成签到,获得积分10
1分钟前
Simon_chat完成签到,获得积分10
1分钟前
Aprilzhou完成签到,获得积分10
1分钟前
无花果应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
怡心亭完成签到 ,获得积分10
1分钟前
yourhonor发布了新的文献求助10
1分钟前
小平完成签到 ,获得积分10
1分钟前
看看文章完成签到 ,获得积分10
1分钟前
SH完成签到 ,获得积分10
1分钟前
zhhl2006完成签到,获得积分10
1分钟前
牛诗悦完成签到,获得积分10
1分钟前
蓝眸完成签到 ,获得积分10
2分钟前
qiangzhang完成签到 ,获得积分10
2分钟前
汤飞飞完成签到 ,获得积分10
2分钟前
小喵完成签到 ,获得积分10
2分钟前
海豚完成签到 ,获得积分10
2分钟前
邓代容完成签到 ,获得积分10
3分钟前
胡一一发布了新的文献求助10
3分钟前
ljymedical完成签到 ,获得积分10
3分钟前
寒战完成签到 ,获得积分10
3分钟前
qwa完成签到 ,获得积分10
3分钟前
Jasen完成签到 ,获得积分10
3分钟前
苏州九龙小7完成签到 ,获得积分10
3分钟前
我是125完成签到,获得积分10
4分钟前
平常雪柳完成签到 ,获得积分10
4分钟前
乒坛巨人完成签到 ,获得积分10
4分钟前
Tree_完成签到 ,获得积分10
4分钟前
江流有声完成签到 ,获得积分10
5分钟前
高分求助中
Un calendrier babylonien des travaux, des signes et des mois: Séries iqqur îpuš 1036
Sustainable Land Management: Strategies to Cope with the Marginalisation of Agriculture 1000
Corrosion and Oxygen Control 600
Python Programming for Linguistics and Digital Humanities: Applications for Text-Focused Fields 500
Heterocyclic Stilbene and Bibenzyl Derivatives in Liverworts: Distribution, Structures, Total Synthesis and Biological Activity 500
重庆市新能源汽车产业大数据招商指南(两链两图两池两库两平台两清单两报告) 400
Division and square root. Digit-recurrence algorithms and implementations 400
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 有机化学 工程类 生物化学 纳米技术 物理 内科学 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 电极 光电子学 量子力学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 2546022
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2175672
关于积分的说明 5600229
捐赠科研通 1896383
什么是DOI,文献DOI怎么找? 946268
版权声明 565379
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 503557