Caldifarcimen microaerophilum gen. nov., sp. nov., a facultatively anaerobic, thermophilic bacterium of a novel bacterial phylum, Caldifarciminota phyl. nov., formerly called candidate phylum WOR-3, description of Caldifarciminaceae fam. nov., Caldifarciminales ord. nov. and Caldifarciminia classis nov.

生物 嗜热菌 16S核糖体RNA 系统发育树 拉伤 细菌 基因 基因组 系统发育学 遗传学 微生物学 核糖体RNA 基因组DNA 基因组大小 分类学(生物学) DNA测序 DNA 进化生物学
作者
Koji Mori,Kohei Hidaka,Satoshi Tamazawa,Akira Hosoyama,Hideyuki Tamaki,Takeshi Kakegawa,Satoshi Hanada
出处
期刊:International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [Microbiology Society]
卷期号:76 (7)
标识
DOI:10.1099/ijsem.0.007229
摘要

A facultatively anaerobic, thermophilic, Gram-negative bacterium, strain sy37 T , isolated from a deep-sea hydrothermal field and belonging to the candidate phylum WOR-3, was characterized in detail. The cells were non-motile long rods with pili and grew via respiration with 2–10% (v/v) oxygen and elemental sulphur as electron acceptors. Optimum growth was observed at 75 °C, pH 6.0 and 3.5% (w/v) NaCl with a doubling time of 10 h. iso-C 17 : 0 was found to be the major fatty acid and menaquinone-8 was identified as the major respiratory quinone. The G+C content of the genomic DNA was 60.6 mol%. Based on the results of phylogenetic analyses of the 16S rRNA gene and genome sequences, together with the phenotypic characterization of strain sy37 T , we propose the name Caldifarcimen microaerophilum gen. nov., sp. nov. for strain sy37 T (=NBRC 116057 T =BCRC 81450 T ). In addition, we propose the associated family, order, class and phylum as Caldifarciminaceae fam. nov., Caldifarciminales ord. nov., Caldifarciminia classis nov. and Caldifarciminota phyl. nov., respectively, in the bacterial kingdom Pseudomonadati .

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