Legume Pangenome Construction Using an Iterative Mapping and Assembly Approach

基因组 生物 计算生物学 构造(python库) 基因 全基因组测序 遗传学 计算机科学 程序设计语言
作者
Haifei Hu,Yuxuan Yuan,Philipp E. Bayer,Cassandria G. Tay Fernandez,Armin Scheben,Agnieszka A. Golicz,David Edwards
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 35-47 被引量:12
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-0235-5_3
摘要

A pangenome is a collection of genomic sequences found in the entire species rather than a single individual. It allows for comprehensive, species-wide characterization of genetic variations and mining of variable genes which may play important roles in phenotypes of interest. Recent advances in sequencing technologies have facilitated draft genome sequence construction and have made pangenome constructions feasible. Here, we present a reference genome-based iterative mapping and assembly method to construct a pangenome for a legume species.
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