Discovery, Identification and Comparative Analysis of Non-Specific Lipid Transfer Protein (nsLtp) Family in Solanaceae

茄科 生物 拟南芥 牵牛花 禾本科 植物脂质转运蛋白 植物 遗传学 基因 突变体
作者
Wanfei Liu,Da‐Wei Huang,Kan Liu,Songnian Hu,Jun Yu,Gang Gao,Shuhui Song
出处
期刊:Genomics, Proteomics & Bioinformatics [Elsevier BV]
卷期号:8 (4): 229-237 被引量:41
标识
DOI:10.1016/s1672-0229(10)60024-1
摘要

Abstract Plant non-specific lipid transfer proteins (nsLtps) have been reported to be involved in plant defense activity against bacterial and fungal pathogens. In this study, we identified 135 (122 putative and 13 previously identified) Solanaceae nsLtps, which are clustered into 8 different groups. By comparing with Boutrot’s nsLtp classification, we classified these eight groups into five types (I, II, IV, IX and X). We compared Solanaceae nsLtps with Arabidopsis and Gramineae nsLtps and found that (1) Types I, II and IV are shared by Solanaceae, Gramineae and Arabidopsis; (2) Types III, V, VI and VIII are shared by Gramineae and Arabidopsis but not detected in Solanaceae so far; (3) Type VII is only found in Gramineae whereas type IX is present only in Arabidopsis and Solanaceae; (4) Type X is a new type that accounts for 52.59% Solanaceae nsLtps in our data, and has not been reported in any other plant so far. We further built and compared the three-dimensional structures of the eight groups, and found that the major functional diversification within the nsLtp family could be predated to the monocot/dicot divergence, and many gene duplications and sequence variations had happened in the nsLtp family after the monocot/dicot divergence, especially in Solanaceae.
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