Evaluation of spatial epitope computational tools based on experimentally-confirmed dataset for protein antigens

抗体分子通过 epitope 区域与抗原蛋白质交往，在 epitope 残余被发现不连续或空间的地方或 conformational 而非在蛋白质表面上线性。有各种各样的计算算法预言他们的空间 epitopes，和各个基于他们的单个测试数据集有突出的表演。在这个工作，独立数据集通过被实验证实了的 epitope 剩余地点的收集被创造。根据敏感基于这数据集， 6 流行网服务者为B房间结构的 epitope 预言，包括的 SEPPA ， CEP ， DiscoTope ， ElliPro ， PEPOP 和 BEpro 发展了，被评估并且比较，积极的预兆的值，在接收装置操作符特征( AUC )的曲线下面的成功的提取率和区域。结果证明空间 epitope 预言工具的一般表演确实获得了实质的前进，并且 SEPPA 在 6 个工具之中给了最好的表演。然而，当前的预言精确性仍然远离满足。而且，我们的比较阐明了网服务者的表演被他们的训练数据集和算法显著地影响，这采用了。在这意义，我们的研究的结果可以改进 B 房间 epitope 预言工具的设计并且当用户在他们的相关研究利用这些工具时，提供另外的线索。