Challenges, progress and promises of metabolite annotation for LC–MS-based metabolomics

代谢物 代谢组学 注释 计算机科学 计算生物学 代谢物分析 生物信息学 生物 生物化学
作者
Romanas Chaleckis,Isabel Meister,Pei Zhang,Craig E. Wheelock
出处
期刊:Current Opinion in Biotechnology [Elsevier BV]
卷期号:55: 44-50 被引量:313
标识
DOI:10.1016/j.copbio.2018.07.010
摘要

Accurate annotation is vital for data interpretation; however, metabolite identification is a major bottleneck in untargeted metabolomics. Although community guidelines for metabolite identification were published over a decade ago, adaptation of the recommended standards has been limited. The complexity of LC-MS data due to combinations of various chromatographic and mass spectrometric acquisition methods has resulted in the advent of diverse workflows, which often involve non-standardized manual curation. Herein, we review the parameters involved in metabolite reporting and provide a workflow to estimate the level of confidence in reported metabolite annotation. The future of metabolite identification will be heavily based upon the use of metabolome data repositories and associated data analysis tools, which will enable data to be shared, re-analyzed and re-annotated in an automated fashion.
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