20 years of the SMART protein domain annotation resource

UniProt公司 Ensembl公司 生物 资源(消歧) 领域(数学分析) 计算机科学 注释 万维网 计算生物学 情报检索 生物信息学 数据库 基因组学 基因组 遗传学 基因 数学分析 数学 计算机网络
作者
Ivica Letunić,Peer Bork
出处
期刊:Nucleic Acids Research [Oxford University Press]
卷期号:46 (D1): D493-D496 被引量:2102
标识
DOI:10.1093/nar/gkx922
摘要

SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) is a web resource (http://smart.embl.de) for the identification and annotation of protein domains and the analysis of protein domain architectures. SMART version 8 contains manually curated models for more than 1300 protein domains, with approximately 100 new models added since our last update article (1). The underlying protein databases were synchronized with UniProt (2), Ensembl (3) and STRING (4), doubling the total number of annotated domains and other protein features to more than 200 million. In its 20th year, the SMART analysis results pages have been streamlined again and its information sources have been updated. SMART's vector based display engine has been extended to all protein schematics in SMART and rewritten to use the latest web technologies. The internal full text search engine has been redesigned and updated, resulting in greatly increased search speed.
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