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Selection and application of aptamers with high-affinity and high-specificity against dinophysistoxin-1

适体 选择(遗传算法) 生物 毒理 计算机科学 遗传学 机器学习
作者
Zhen Li,Bo Hu,Rong Zhou,Xiaojuan Zhang,Ruizhe Wang,Yun Gao,Mingjuan Sun,Binghua Jiao,Lianghua Wang
出处
期刊:RSC Advances [Royal Society of Chemistry]
卷期号:10 (14): 8181-8189 被引量:20
标识
DOI:10.1039/c9ra10600f
摘要

Diarrhetic shellfish toxins (DSTs) are marine toxins distributed widely in the world, which pose a major threat to the health of mankind. Dinophysistoxin-1 (DTX-1) has the most potent toxicity in DSTs. However, the current detection methods have ethical problems and technical defects. Further research is needed, to develop a more suitable alternative to the supervision system. In this work, we successfully obtained an aptamer with high affinity and specificity bound to DTX-1 for the first time. After optimization, a core sequence of the aptamer with a higher K D of 64 nM was obtained, while the binding mode of the core sequence and DTX-1 was explored. Based on this aptamer, we developed a biolayer interferometry (BLI) biosensor platform for DTX-1 detection. The aptasensor exhibited a broad detection range from 40 to 600 nM DTX-1 (linear range from 80 to 200 nM), and the low detection limit was 614 pM. Morever, the aptasensor showed good reproducibility and stability, which indicated that this novel aptasensor had broad development prospects for the sensitive and rapid detection of DTX-1.
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