DGANDDI: Double Generative Adversarial Networks for Drug-Drug Interaction Prediction

计算机科学 药品 互补性(分子生物学) 生成对抗网络 交互信息 生成语法 对抗制 机器学习 人工智能 深度学习 医学 药理学 数学 生物 遗传学 统计
作者
Hui Yu,KangKang Li,Jian‐Yu Shi
出处
期刊:IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics [Institute of Electrical and Electronics Engineers]
卷期号:20 (3): 1854-1863 被引量:12
标识
DOI:10.1109/tcbb.2022.3219883
摘要

Co-administration of multiple drugs may cause adverse drug interactions and side effects that damage the body. Therefore, accurate prediction of drug-drug interaction (DDI) events is of great importance. Recently, many computational methods have been proposed for predicting DDI associated events. However, most existing methods merely considered drug associated attribute information or topological information in DDI network, ignoring the complementary knowledge between them. Therefore, to effectively explore the complementarity of drug attribute and topological information of DDI network, we propose a deep learning model based adversarial learning strategy, which is named as DGANDDI. In DGANDDI, we design a two-GAN architecture to deeply capture the complementary knowledge between drug attribute and topological information of DDI network, thus more comprehensive drug representations can be learned. We conduct extensive experiments on real world dataset. The experimental results show that DGANDDI can effectively predict DDI occurrence and outperforms the comparison of the state-of-the-art models. We also perform ablation studies that demonstrate that DGANDDI is effective and that it is robust in DDI prediction tasks, even in the case of a scarcity of labeled DDIs.
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