Les humains ont-ils coévolué avec le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal joue un rôle clef pour la santé. Alors que les mécanismes qui déterminent ses effets commencent à être élucidés, son évolution est peu connue. Des questions telles que « le microbiote évolue-t-il et à quel rythme ? », « quelle est son origine ? », ou « avons-nous coévolué avec nos bactéries intestinales ? », sont peu explorées. À court terme, les microbes évoluent en réponse à des modifications de l’environnement, comme le régime alimentaire de leur hôte. Sur une échelle de temps longue, l’évolution au sein d’un individu est contrebalancée par des échanges de microbes provenant d’autres individus. Ainsi, si les microbes intestinaux ont probablement évolué dans les populations, la plupart ont une longue histoire d’échanges entre populations. Savoir si l’évolution du microbiote depuis des dizaines de milliers d’années a facilité les adaptations humaines reste une question ouverte et fondamentale.