본 연구의 목적은 Yoga와 Pilates 운동 수행이 자율신경계에 미치는 영향을 분석하여 운동처방의 임상적 기초 자료를 제공하고자 하였다. 피험자는 체육전공 대학생 20명을 요가운동군(Yoga Group)과 필라테스운동군(Pilates Group)에 각각 10 명씩 배정하였고, 자율신경계 측정은 운동 전, 운동 직후, 회복기 30분 후에 이루어졌다. 그 결과 첫째, 요가는 스트레스 지수 와 평균맥박이 시기의 주효과와 시기와 집단의 상호작용효과의 유의한 차이를 보였다. 둘째, 요가는 교감활성과 자율신경균 형이 시기의 주효과, 시기와 집단의 상호작용효과, 집단의 주효과 모두 유의한 차이를 보였다. 셋째, 맥박다양성, 부교감활성 도, SDNN, RMSSD는 시기의 주효과는 유의한 차이를 보였고, 시기와 집단의 상호작용효과와 집단의 주효과는 통계적으로 유의한 차이를 나타내지 않았다. 따라서 요가는 스트레스 지수를 낮추고 평균맥박 감소의 효과를 얻을 수 있으며, 특히 요가 운동이 필라테스 운동보다 교감활성 감소와 자율신경균형에 더 긍정적인 영향을 미치는 것으로 사료된다.