Metabolic Signature of Articular Cartilage Following Mechanical Injury: An Integrated Transcriptomics and Metabolomics Analysis

代谢组学 代谢组 代谢途径 生物化学 生物 精氨酸 转录组 磷酸戊糖途径 糖酵解 新陈代谢 氨基酸 生物信息学 基因表达 基因
作者
Jennifer Southan,Emily P McHugh,Heather Walker,Heba Ismail
出处
期刊:Frontiers in Molecular Biosciences [Frontiers Media]
卷期号:7 被引量:36
标识
DOI:10.3389/fmolb.2020.592905
摘要

Mechanical injury to the articular cartilage is a key risk factor in joint damage and predisposition to osteoarthritis. Integrative multi-omics approaches provide a valuable tool to understand tissue behavior in response to mechanical injury insult and help to identify key pathways linking injury to tissue damage. Global or untargeted metabolomics provides a comprehensive characterization of the metabolite content of biological samples. In this study, we aimed to identify the metabolic signature of cartilage tissue post injury. We employed an integrative analysis of transcriptomics and global metabolomics of murine epiphyseal hip cartilage before and after injury. Transcriptomics analysis showed a significant enrichment of gene sets involved in regulation of metabolic processes including carbon metabolism, biosynthesis of amino acids, and steroid biosynthesis. Integrative analysis of enriched genes with putatively identified metabolite features post injury showed a significant enrichment for carbohydrate metabolism (glycolysis, galactose, and glycosylate metabolism and pentose phosphate pathway) and amino acid metabolism (arginine biosynthesis and tyrosine, glycine, serine, threonine, and arginine and proline metabolism). We then performed a cross analysis of global metabolomics profiles of murine and porcine ex vivo cartilage injury models. The top commonly modulated metabolic pathways post injury included arginine and proline metabolism, arginine biosynthesis, glycolysis/gluconeogenesis, and vitamin B6 metabolic pathways. These results highlight the significant modulation of metabolic responses following mechanical injury to articular cartilage. Further investigation of these pathways would provide new insights into the role of the early metabolic state of articular cartilage post injury in promoting tissue damage and its link to disease progression of osteoarthritis.
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