Identification of Brazilian flaviviruses by a simplified reverse transcription-polymerase chain reaction method using Flavivirus universal primers.

黄病毒 生物 病毒学 逆转录聚合酶链式反应 逆转录酶 聚合酶链反应 鉴定(生物学) 病毒 遗传学 计算生物学 基因 信使核糖核酸 植物
作者
L T Figueiredo,Weber Cheli Batista,Simone Kashima,E.S. Nassar
出处
期刊:American Journal of Tropical Medicine and Hygiene [American Society of Tropical Medicine and Hygiene]
卷期号:59 (3): 357-362 被引量:38
标识
DOI:10.4269/ajtmh.1998.59.357
摘要

We report a simplified reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) method for identification of Brazilian flaviviruses based on the patterns of electrophoretic separation of the amplicons. The RT-PCR was done on the culture fluids of Aedes albopictus C6/36 cells infected with Brazilian flaviviruses, without previous extraction of viral RNA, using Flavivirus universal primers that anneal to highly conserved sequences within the nonstructural protein 5 and 3'- non translated region of the virus genome. Genomes of 13 Brazilian Flavivirus isolates were amplified. It was not possible to amplify the genome of Bussuquara virus. Analysis of the RT-PCR products gave reproducible results and three distinct amplicon patterns were observed. Cacipacoré (800-850 basepairs [bp]) and yellow fever viruses (600 bp) yielded a single amplicon; dengue virus types 1 and 2 (650 and 550 bp), dengue virus type 4 (550 and 450 bp), Iguape (650-600 bp and 750-700 bp), St. Louis encephalitis (700 and 650-600 bp), and Rocio viruses (600 and 500-550 bp) yielded two amplicons; and Ilheus virus yielded five amplicons, two larger than 1,000 bp, one 650-700 bp, one 550-600 bp, and one 450-500 bp. The analysis of amplicon DNA sequences of six viruses showed homology with the 3'- nontranslated region of Flavivirus genome. The use of the Flavivirus universal primers in this simple RT-PCR technique is suitable as a screening test for the genus Flavivirus, with the exception of Bussuquara virus, in Brazilian isolates in tissue culture fluid.
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