A las hipotesis y al metodo hipotetico deductivo se les acusa de otorgarle un aire de formalidad a la actividad cientioca. Mas aun, suele aormarse que las hipotesis no son necesarias para hacer Ecologia aplicada. Aportamos argumentos para mostrar que esas afirmaciones no atienden adecuadamente el doble papel de las hipotesis en la investigacion: proponer explicaciones a los patrones ecologicos pero tambien guiar la toma de datos. Sugerimos que los escepticos con las hipotesis dudan, en realidad, de la capacidad de la Ecologia de ofrecer hipotesis eficaces para formular predicciones. Esos ecologos suelen tomar partido por el instrumentalismo epistemologico pero usan hipotesis de manera implicita para guiar su investigacion. Si bien sus proyectos pueden no mencionar hipotesis explicativas, no parece posible que esten libres de las hipotesis de bajo nivel que inspiran y conducen el diseno experimental. Ofrecemos evidencia a favor de nuestros argumentos a partir del analisis del ociclo de indagacionp de Peter Feinsinger y de la ociencia libre de hipotesisp de Fred Guthery, dos ecologos que han reflexionado sobre el metodo de la Ecologia aplicada. El empleo de hipotesis explicativas es materia de gusto epistemologico. Sugerimos que el ecologo es libre de elegir doctrina pero tambien responsable de las consecuencias de su eleccion. Por ultimo, analizamos el dilema de incluir o no incluir hipotesis en proyectos de investigacion descriptivos (i.e., instrumentales). Aunque esa decision es trascendente, mas importante aun es que no parece ser posible investigar sin adherir a supuestos o hipotesis, aun cuando estos no impliquen un intento genuino de explicacion para el problema de partida.